Innenriksminister Alexander Dobrindt beskriver den potensielle trusselen som «konkret» og sier det er tydelig at Tyskland er et «aktivitetsområde» for terrorister.
Påtalemyndigheten sier mennene har anskaffet våpen og ammunisjon siden i sommer, kanskje også før det.
– Våpnene skulle brukes av Hamas til likvideringer rettet mot israelske eller jødiske institusjoner i Tyskland, ifølge påtalemyndigheten. Den væpnede islamistiske gruppen nekter å ha noen forbindelse til de tre mennene.
Under pågripelsene fant politiet flere våpen, «inkludert et AK-47 automatgevær, flere pistoler og en betydelig mengde ammunisjon». Det er også gjennomført eller planlagt husransakelser i byene Leipzig og Oberhausen.
De pågrepne er en 36 år gammel tysk statsborger født i Libanon, en 46-åring født i Libanon og med uavklart statsborgerskap og en 44 år gammel tysk statsborger født i Syria.